In 2023 adviseerde de RSJ over de wijziging van de Penitentiaire beginselenwet in verband met aanvullende maatregelen tegen georganiseerde criminaliteit tijdens detentie. Een paar belangrijke aanbevelingen zijn niet overgenomen. Dit waren aanbevelingen over het toepassingsbereik van de bevelsbevoegdheid en van de beperkingen in het contact met raadslieden, en over de duur van de maatregelen die in het kader van de bevelsbevoegdheid door de minister kunnen worden opgelegd.
Er is wel een aantal kleinere aanpassingen op advies van de RSJ doorgevoerd. Zo is ingevoerd dat de geestelijk verzorgers en medische hulpverleners hun werk in tweetallen moeten uitvoeren. Dit is inmiddels vastgelegd in de Penitentiaire Maatregel. Daarnaast zal de staatssecretaris periodiek de Tweede Kamer berichten over de toepassing van de bevelsbevoegdheid in de praktijk en is de termijn van zes weken waarbinnen de RSJ uitspraak moet doen, losgelaten. Ook is de bevelsbevoegdheid niet meer gemandateerd aan de selectiefunctionaris, maar aan de Directeur-Generaal. Tot slot bestaat nu de mogelijkheid dat de deken van de orde van advocaten de minister kan adviseren over het toestaan van een extra rechtsbijstandverlener en is de MvT nog op verschillende punten aangevuld.
Het oorspronkelijke wetsvoorstel is door verschillende amendementen en moties nog op een aantal punten aangepast. Dit heeft tot een separate aanvulling op het wetvoorstel geleid. Sinds 1 november 2025 zijn het aangepaste wetsvoorstel in combinatie met een wijziging van het wetsvoorstel en relevante lagere regelingen in werking getreden.